最早的光合自营菌,并不是用叶绿素chlorophyll Ⅱ作为他们吸收光子的色素工具,因此它们也不会把水分子切开制造出氧气。截然不同地,它们演化出各种吸收光能的色素工具,并且启动类似“循环性光磷酸化作用”的生化反应过程。今日的厌氧光合菌,很可能就是这种有机体的直系血亲后代。
不久之后,有机体演化出更複杂的捕捉太阳能方式:“非循环性光磷酸化作用noncyclic photophosphorylation”和二氧化碳固定作用,30-35亿年前诞生的原始蓝藻细菌cyanobacteria很可能就是这方面的开山祖师。
这种有机体的光合作用方式,比较像一般的植物,而不像光合细菌photosynthetic bacteria,在“非循环性光磷酸酯化作用”中,它们以水为电子来源,并且释放“氧气”这种副产品。
从此以后,地球上所有的生物,持续仰赖光合自营细菌为生。
有机体的“非循环性光磷酸酯化作用”,把水当作电子提供者,这个演化用力地推了一把,让生物更有能力把无机物合成複杂的有机化合物。这种光合作用产生的一个重要的副产品就是“氧分子”。
一开始,光合作用释放的氧气并没有在大气或水中累积;相反地,氧气和铁结合,溶解于海中,形成氧化铁,并沉淀到海底。
28亿年前“氧”只在某些地方有少量的累积,一般认为到了5亿4千万年前左右,“氧”在大气的累积量达到现在的21%。
一旦氧变成大气的主要成分,异营细菌heterotrophic和自营细菌autotrophic都演化出“有氧呼吸aerobic respiration”的生化反应方式,有氧呼吸能够从营养分子抽取更多的能量,份量远高于糖解作用或发酵作用。